Pada tahun 2006 dibuka Pondok Pesantren II Darullughah Wadda’wah yang berlokasi di Desa Pandean Kecamatan Rembang Kabupaten Pasuruan yang sekarang ditempati 334 santri putra untuk tingkat i’dadiyah dan kelas I dan II ibtida’iyah. G. Metode Pengkaderan dan Pendidikan Putra-putra Beliau.
Imam Yahya merupakan putra terbesar. Setelah kurang lebih selama tiga tahun KH. Imam Yahya Mahrus mengurusi Pondok Pesantren HM, beliau mempunyai inisiatif untuk membangun Pondok Pesantren Lirboyo HM Al-Mahrusiyah. Sedangkan untuk saat ini, PPHM diasuh oleh putra Al-Magfurlah KH. Mahrus Aly di antaranya; Romo KH. Ponpes modern Al Aqobah ini didirikan pada medio 1997 di Kecamatan Diwek ekitar 300 meter ke arah selatan dari makam Gusdur. Awalnya lembaga ini mempunyai Pondok Pesantren Mahasiswa Al Aqobah. Lembaga pendidikan pondok pesantren Al Aqobah Jombang membina SMP, MTs, SMA ITMA (Islam Terpadu Misykat Al-Anwar) dan Tahfidz Alquran dan membuka program Padahal, Mahad Al-Zaytun berjarak 21 kilometer dari Exit Tol Cikopo-Palimanan. Kompleks Yayasan Pesantren Indonesia (YPI), yayasan yang menaungi Al-Zaytun, berdiri di tanah seluas 1.200 hektar di Desa Mekarjaya, Kecamatan Gantar, Kabupaten Indramayu. Saat ditanya Tempo kenapa memilih Indramayu, Panji hanya mengatakan ia tidak memilih tempat. Setelah dirasa cukup, beliau meneruskan nyantri ke pesantren yang terletak di Cepoko, 20 kilometer sebelah selatan Nganjuk, dengan bekerja di pesantren itu. Di sini, KH. Abdul Karim belajar selama 6 tahun. Lantas pindah ke pesantren Trayang, Bangsri, Kertosono. Di pesantren ini pula, konon KH. Abdul Karim memperdalam al-Qur`an. .